1991-ci il 18 oktyabr tarixində “Müstəqillik haqqında Konstitusiya Aktı” qəbul edildikdən sonra milli dövlət quruculuğunun bərpası prosesinə başlanıldı. Həmin proses çərçivəsində, 1991-ci il 9 dekabr tarixində Azərbaycan Respublikasının Milli Şurası tərəfindən “Azərbaycan Respublikasının Dövlət Sərhədi haqqında” Qanun qəbul edildi. Elə həmin ilin 16 dekabr tarixində isə Azərbaycan Respublikasının Dövlət Sərhədini Mühafizə Komitəsi (DSMK) təsis olundu.
2002-ci il 31 iyul tarixində Azərbaycan Respublikasının Prezidenti Heydər Əliyev tərəfindən Dövlət Sərhəd Xidmətinin yaradılması barədə Fərman imzalandı.
Xidmətin fəaliyyətində beynəlxalq əməkdaşlıq mühüm yer tutur. Dünya dövlətlərinin sərhəd qurumları ilə qarşılıqlı faydalı əlaqələrin qurulması, NATO, Avropa İttifaqı, ATƏT, BMT QAK, BMqT, Şiofok Konfransı, GUAM kimi beynəlxalq təşkilatlarla, eləcə də bir sıra ölkələrin sərhəd xidmətləri ilə əməkdaşlıq əlaqələrinin inkişaf etdirilməsi istiqamətində ardıcıl tədbirlər həyata keçirilmişdir. Bir neçə ildir ki, Sərhəd Məsələləri üzrə Beynəlxalq Konfransın (Şiofok Konfransının) iclasları Bakı şəhərində təşkil olunur.
Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 2002-ci il 12 dekabr tarixli, 823 nömrəli Fərmanı ilə təsdiq edilmiş “Azərbaycan Respublikasının Dövlət Sərhəd Xidməti haqqında Əsasnamə”yə əsasən, Dövlət Sərhəd Xidmətinin vahid sisteminə xidmətin aparatı və strukturu daxilində fəaliyyət göstərən sərhəd qoşunları, sahil mühafizəsi, çevik hərəkət qüvvələri, xüsusi hava əməliyyat qüvvələri, sərhəd nəzarəti, hərbi aviasiya və hərbi dəniz hissələri, eləcə də digər təyinatlı hərbi hissələr və qurumlar daxildir. Bu qurumlara xüsusi təyinatlı təhsil müəssisələri, təlim mərkəzləri, elmi-tədqiqat institutları, mədəni-maarif təşkilatları, rabitə, tikinti-istismar, maddi-texniki təminat, tibb, redaksiya-nəşriyyat və məlumat-hesablama müəssisələri də aiddir. Dövlət Sərhəd Xidməti öz səlahiyyətlərinə daxil olan vəzifələri birbaşa və tabeliyində olan qurumlar vasitəsilə icra edir.
İllər ərzində xidmətin idarəetmə sistemi xeyli təkmilləşdirilmiş, müasir radiorabitə və telekommunikasiya texnologiyaları geniş tətbiq olunmuş, aparat ilə sərhəd dəstələri arasında peyk rabitəsi qurulmuşdur. Sərhəd buraxılış məntəqələrində nəzarətin təşkili beynəlxalq standartlara uyğunlaşdırılmış, sənədlərin yoxlanılması üçün müasir tipli laboratoriyalar yaradılmışdır. Şəxsi heyət dövlət sərhədindən keçən şəxslər və nəqliyyat vasitələri üzərində etibarlı nəzarəti təmin etmək məqsədilə ən müasir texniki avadanlıqlarla təchiz edilmişdir. Bütün sərhəd keçid məntəqələrinin avtomatlaşdırılmış məlumat-axtarış sisteminə inteqrasiya olunması nəticəsində miqrasiya prosesləri üzərində səmərəli və ciddi nəzarət həyata keçirilir.